药物的安全性与有效性同样重要。如果某一药物虽然能帮助患者获得更长生存时间，但同时也存在无法控制的不良反应，那么这并非是真正使患者获益。如仑伐替尼与索拉非尼也有不良反应（纳差、体重减轻、疲劳），虽然疾病本身也可能导致这些表现，但药物所致不良反应也存在一些特异性。
如仑伐替尼是强效的VEGF受体抑制剂，因此可能高血压、蛋白尿发生的概率更高，而通常通过降压治疗或减少药物剂量可有效控制上述不良反应。索拉非尼的手足综合征（HFS）较为常见，其可以通过局部使用尿素软膏来控制，有时也需要降低剂量或中断治疗。
总的来说，有经验的临床医生能够较好地使用这些药物。重要的是，来自任何系统治疗的药物毒性均与患者起始治疗时的一般状况以及疾病阶段有关。当患者肝功能处于Child-pugh A期时开始治疗十分重要，在患者一般状况转为虚弱之前，及时地从局部治疗转换至系统治疗也十分重要。一旦患者肝功能已处于失代偿，患者对药物的耐受度也将大大降低。
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