全面评估帕博西尼/爱博新和氟维司群的进展遗传事件

　　我们证明，RB1突变是在用CDK4/6抑制治疗后出现的，但是这些突变很可能是亚克隆的，并且患病率相对较低，这表明与以往的研究相反，它们不是耐药的主要机制。在两个治疗组中相对频繁地获得新的PIK3CA和ESR1突变，特别是ESR1Y537S突变，暗示了这些对联合治疗要素耐药的平行机制的发展变化，并为治疗提供了新途径。来自521例患者参加PALOMA-3研究的459名患者具有基线（治疗的第一天）血浆样品，其中287名患者的治疗结束时间（EOT）匹配。与整个PALOMA-3研究人群相比，来自该组配对样品的患者具有相似的帕博西尼获益。在没有可用匹配的治疗结束样本的患者中，有94例未进展（94/172，54.6％），而在匹配组中有74例（74/287，25.8％）。

　　我们首先确定了血浆DNA外显子组测序的第1天配对样品和EOT样品，以全面评估帕博西尼（爱博新）和氟维司群的进展遗传事件。为了鉴定具有足够的肿瘤纯度用于外显子组测序的配对血浆样品，我们使用靶向扩增子板开发了一种新颖的拷贝数和纯度靶向测序策略，该扩增板包括在乳腺癌通常丢失的区域中约有1000个单核苷酸多态性（SNP），并将其与PIK3CA和ESR1突变的数字PCR数据相结合。使用这种方法，我们确定了16名接受帕博西尼加氟维司群治疗的患者，这些患者在第1天和EOT时血浆中的肿瘤DNA纯度较高，并且具有足够的材料用于外显子库的制备。其中，第1天ctDNA中有9/16（56.3％）具有PIK3CA突变，而6/16（37.5％）具有ESR1突变。五名患者具有匹配的种系DNA，另外还对3个其他不匹配的种系DNA样本进行了测序，以扩展种系面板以过滤测序噪音。由于氟维司群加安慰剂组只有6名患者符合了符合质量控制标准的匹配样本，因此未进行测序。

　　血浆DNA进行外显子组测序，中值深度为164X，种系DNA测序中值深度为47X。第1天的两个样本有污染的证据，这些对不包括在对比，配对分析中。第一天的样本中可检测到的非同义变体的数量在患者之间差异很大。对所有样品的突变特征进行分析后发现，最普遍的是特征1和特征3（同源重组缺陷），与现有的乳腺癌数据一致。第1天外显子组测序数据还揭示了与ESR1突变以外的内分泌抗性发展潜在相关的遗传标记-4/14（28.6％）患者中NOTCH家族受体NOTCH2，NOTCH3和NOTCH4的突变以及2/14患者中的NF1突变。对于大多数患者，基因组不稳定性指数在治疗的第1天到治疗结束之间基本保持稳定，尽管从突变负担来看，患者之间存在相当大的差异。

　　在第1天和EOT血浆之间，帕博西尼和氟维司群的克隆进化和选择在85.7％的12/14患者中明显可见。患者390有两个RB1截短突变p.Q257X和p.N519fs，仅在治疗结束时才检测到。用PyClone进行的克隆性分析表明，这些RB1突变位于耐药亚克隆中，或者可能是具有平行进化的独立亚克隆，导致表型趋同，另外还有一个对治疗敏感的亚克隆，其明显特征是RUNXT1突变在治疗后逐渐消失。抗性亚克隆中的突变主要与APOBEC突变特征一致。 RB1突变通过数字PCR验证，并在治疗开始时被确认不存在。

　　第二名患者在用帕博西尼加氟维司群治疗期间表现出明显的亚克隆选择，该亚克隆具有FGFR2 p.K569E酪氨酸激酶域激活突变的特征，在day1样品中无法检测到。由PyClone模型确定的每个亚克隆的突变计数为51，49，54和20。新的显性抗性亚克隆，带有一个。帕博西尼对于乳腺癌的作用效果非常明显，如果您有需要购买，可以添加下方微信，我们能提供购买。